基础医学院是新疆医科大学的二级教学单位，始建于1956 年，基础医学院几代教师扎根边疆、服务新疆医学教育几十载，为培养各级医学专门人才做出了突出贡献，成为新疆医学人才培养与基础医学科学研究的重要基地。
经过六十多年的薪火相传，学院在教育教学、科学研究、人才培养和社会服务等方面深度融合、全面发展，已建设成为一支拥有教职工211 人（专任教师155 名，教辅及管理人员56 名）的教师队伍，专任教师中具有副高级以上职称80 人，其中博导19 人，硕导59 人，具有博士学位72 人，占比46%。（目前在读博士37人） 。
基础医学院拥有全疆唯一的基础医学一级博士学位授权点（2017 年），并建设有基础医学一级硕士学位授权点（2006 年）、生物学一级硕士学位授权点（2021 年），拥有二级硕士学位授权点 8 个（生理学、遗传学、生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学）。同时，基础医学学科已建设成为自治区“十三五”重点学科-高原学科，二级学科中病原生物学为自治区重点学科，病原学、免疫学为校级重点学科，生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学为校级支撑学科。
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研究 学院目前拥有国家千人计划1人，自治区级教学名师3名，在聘天山学者2名，全国“五一劳动奖章”获得者1名，全国师德师风先进个人4名，学院教师团队于2022年获批第二批全国高校黄大年式教师团队。
