生物学教研室
新疆医科大学基础医学院生物学教研室成立于1956年9月，由马梅荪教授等老一辈教师参与筹建。经几十年的不懈努力，教学及科研实力逐渐增强，于1993年批准获遗传学硕士学位授权点。现有教师14人，其中教授2人，副教授3人，获得博士学位教师7人，在读博士教师6人；夏米西努尔·伊力克教授获自治区教学名师称号，袁芳教授及纳菲沙·卡德尔老师获得校级教学能手。是一支由老中青三代组成的年龄结构合理且有优良传承的优秀团队，曾获得新疆医科大学优秀教学团队、“巾帼文明岗”称号。
生物学教研室承担本科生的《医学细胞生物学》、《医学遗传学》和《分子遗传学》课程；留学生的《Medical Cell Biology》和《Medical Genetics》课程；研究生的《细胞生物学》、《分子遗传学》课程。《医学细胞生物学》被评为校级精品课程、精品资源共享课程；教研室教师主编及参编人民卫生出版社的《医学遗传学》、《医学细胞生物学和医学遗传学实验教程》教材，清华大学出版社《Medical Genetics》教材。
生物学教研室加强学科建设，学位点研究方向主要为遗传病发病机制研究，围绕神经退行性疾病、肿瘤、高血压等多基因病发病机制及干预研究，近5年教研室教师在科研方面取得成绩，主持国家级及自治区级项目共10项，其中国家自然科学基金地区项目2项，青年基金1项，发表科研及教学论文二十余篇。
生理学教研室
新疆医科大学基础医学院生理学教研室成立于1956年，是新疆医科大学最早组建的教研室之一，1981年成为国家首批批准的硕士学位授予点。生理学教研室目前在编教师总数16人，其中教授4人，副教授5人，讲师2人，具有博士学历的有9名教师，硕士学历7人。生理学教学团队坚持以落实立德树人为根本任务，充分发挥党支部政治引领力，曾获新疆医科大学先进基层党支部荣誉称号和校级“双带头人”教师党支部。教研室目前承担了研究生、本科生、留学生和成人高等教育各层次学生的教学，开设《生理学》、《机能综合实验》、《麻醉生理学》、《人体解剖生理学》、《高级生理学》等课程，每年完成理论课教学约3300学时，实验教学约3000学时。近5年获得校级教改课题9项，发表教改论文17篇。教研室目前拥有校级教学名师3人，校级教学能手1人，生理学课程获批校级“线上线下混合式一流课程以及校级课程思政示范课”。本学科现有博士生导师1人，硕士生导师8人，近5年培养硕士研究生20余名。近5年，教研室教师主持国家级课题5项，省部级课题9项，厅局级课题3项，获得国家级人才项目1项，自治区级人才项目3项，发表科研论文40余篇，其中Q1区论文5篇。本教研室教师工作积极向上，多名教师具有留学背景及临床工作经验，形成了一支知识和年龄结构合理，能团结协作和学术思想活跃的队伍。
组织学与胚胎学教研室
新疆医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室创建于1957年，于1980年首批获得硕士学位授予权。现有教师17人,教授4人，副教授6人，讲师7人；博士学位8人，在读博士2人,硕士学位7人。硕士研究生导师6人，博士生导师1人，形成了一支蓬勃发展的教学科研队伍。并培育出自治区教育领军人才1人，自治区教学能手1人，校级教学名师1人，校级教学能手2人。开设有《组织学与胚胎学》，《正常人体形态学》，《干细胞工程学》，《医学发育生物学》等课程，承担临床医学、口腔医学、基础医学、麻醉学、预防医学、法医等专业教学任务，年授课时数平均约为4200学时。
组织学与胚胎学课程于2006年入选校级精品课程，2007年入选为自治区精品课程，2010年被评为校级优秀教学团队并于2013年顺利通过验收，2014年被评为校级网络资源精品课程，2016年正常人体形态学被评为优秀教学团队。2021组织学与胚胎学课程获批校级课程思政示范课程，2023年获批第二批国家级一流本科课程（线下）及校级一流本科课程（线上线下）。
近年来，主持自治区级教育教学改革课题4项，中华医学会课题1项，校级教改课题8项，获得自治区和校级教学成果奖5项。主编，副主编教材7部，参编教材10部。学科建设方向逐渐凝练与发展，形成了较稳定的研究方向（组织工程与骨相关疾病研究、生殖与发育、干细胞生物学），创建了具有组织胚胎学特色的显微镜室、干细胞培养室、免疫组化室，为科学研究提供良好的平台。并获得10项国家自然科学基金的资助，12项自治区级科研课题资助，资助金额累计约400万。发表SCI和核心期刊论文80余篇，申请国家专利6项，授权2项。
微生物学教研室
新疆医科大学基础医学院微生物学教研室成立于1955年，在老一辈教师的努力下，1993年获得病原学硕士学位授予权。2009年被评为新疆医科大学精品课程，2010年被评为新疆医科大学校级重点学科、自治区重点学科，2022年《医学微生物学》被评为校级“一流课程”。教研室有良好的师资队伍，现有教师12人，其中教授2人，副教授5人，讲师3人，未定职2人；具有博士学位11人，硕士学位12人；博士生导师1人，硕士生导师4人。留学归国人员3人。
教研室目前主要承担临床医学“5+3”一体化、本科、专科、留学生、研究生和成人教育等多轨道、多专业的《医学微生物学》教学任务。在教学改革方面，承担自治区、校级教改项目5项。近年发表教改论文20余篇，其中3篇被EI收录。
在科研方面，经过长期建设和发展，教研室针对新疆特高发感染性疾病、尿酸代谢发病机制以及微生态与健康等领域开展微生物学和免疫学的相关研究，形成具有一定优势和特色的研究方向。近年来已获得15项国家级和自治区级科研基金资助，研究经费约300万元；发表学术论文100余篇，其中SCI收录10余篇。获自治区科技进步奖3项。已培养硕、博士研究生20余人，研究生论文获得自治区自然科学优秀学术论文二等奖和自治区级及校级优秀硕士学位论文荣誉。
目前教研室全体人员正满怀信心，努力将病原生物学学科建设成为结构布局合理、学科梯队精干、自我创新与发展能力较强、具有一定综合优势和特色突出的，为高层次人才培养和区域经济发展提供有力支持的学科体系。
法医学教研室
新疆医科大学基础医学院法医学教研室正式成立于2008年，自成立以来，一直致力于法医学的教学、科研以及法医鉴定的社会服务工作。
教研室现有教师7名，其中高级职称3人，中级2人；拥有博士学位1人，硕士学位3人；目前在读博士2人。
在教学方面，主要承担《法医学概论》、《刑事科学技术》、《法医人类学》、《法医法学》、《法医物证学》、《法医临床学》、《法医学》等法医学专业课程，主持校级教改课题1项，参编教材2部。并在自治区公安厅、乌鲁木齐市公安局建立法医专业实习教学基地，确保法医专业学生的教学质量。在科研方面，累计承担2项国家级课题，5项自治区级课题，发表10余篇文章。
在社会服务方面，依托新疆新医司法鉴定所开展法医病理、法医临床、法医物证、法医毒物4项鉴定业务。至今已接受社会各界委托的司法鉴定案件近2万余例案件，为新疆社会稳定做出了一定贡献，并取得了良好的社会效应。
病理学教研室
1956年病理解剖学教研室随着新疆医科大学的成立而诞生，历经蔡世烈教授、陈朝伦教授和一批批病理人的60余载的建设，在教学、科研、法医病理诊断等诸多方面取得了长足发展。病理学教研室现有教师16人，其中教授3名，副教授4名，讲师7名，副主任法医师1名；博士生导师2名，硕士生导师5名；校级教学名师2名、教学能手1名；在读博士6名。1984年获病理学与病理生理学二级硕士授权点，目前基础医学是一级博士授权点。病理学课程于2020年获首批国家线下一流课程，2021年自治区课程思政教学团队，2023年第二批国家混合式一流课程，现为自治区科研创新团队。
病理学教研室承担《病理学》、《法医病理学》、《分子病理学》、《细胞培养技术》、《基础医学整合课程—消化系统为例》等必修及选修课，授课层次为专科生、本科生、研究生。病理学教研室加强学科建设，学位点研究方向主要为新疆高发肿瘤发病机制及基础应用研究，围绕宫颈癌、食管癌、肺癌、前列腺癌等高发癌症的发病机制及基础应用研究，近5年主持国家级及自治区级项目共10余项，发表科研及教学论文50余篇。
机能中心
新疆医科大学机能中心实验室成立于2001年，是自治区合格实验室、校级重点实验室、校级实验教学示范中心，并成为新疆医科大学国家级基础医学实验教学示范中心的建设单位。
机能中心实验室共有教职工19人， 其中教授1人，副教授1人，讲师2人，高级实验师5人，实验师8人，其中党员教师13人。具备硕士及以上学历人员占总人数的94%。
2020年搬迁至雪莲山校区第一综合实验楼第二、三层，目前有有实验室21间（包括1间虚拟实验室，1间人体实验室），学生可使用实验室面积约为4000 m2，同时可容纳学生约800人。其中3间实验室配备国内先进的信息化集成化生物信号采集系统，该系统通过一体化设计，将生物采集系统、呼吸系统、测温系统、照明系统以及同步演示系统等整合在可移动实验平台上，通过摄像系统全程监控和录制实验过程，并对实验数据进行无纸化处理。
机能中心独立开设整合性实验课程“机能学综合实验”，并承担各专业本、专科、研究生和留学生的生理学、病理生理学、药理学、生物化学等学科的实验教学任务。除常规教学任务外，机能中心还定期举办“实验操作技能大赛”、“实验设计大赛”等学生竞赛，不定期开放实验室提高学生实验技能，培养学生实验思维。
免疫学教研室
新疆医科大学基础医学院免疫学教研室建立于2002年，教研室长期致力于打造优秀教师队伍，在课程建设和学科建设领域获得自治区精品课程、校级精品资源共享课程和校级一流课程、自治区重点学科等荣誉。
免疫学团队是自治区优秀教学团队，队伍中有2名自治区名师和1名校级名师，多人获得校级教学能手。目前教研室有专职教师11人，其中教授2人，队伍中有博士6人，包括引进的高层次人才2人。所有教师始终践行“倡导学生自主全面的发展，培养学生自主学习能力”的教学理念，年平均教学超过4000学时。多年以来始终在课堂教学中采用混合式教学，指导20余项本科生大创项目，多次获得国家级和自治区级大创奖项。多年来承担9项自治区和校级教改项目，主编国家级教材3部，参编教材20余部，获得4项校级教学成果奖。
免疫学教研室现有博士生导师4人(含外聘导师2人)，硕士生导师3人，主要开展新疆高发传染病(如包虫病、结核病等)和自身免疫病的免疫学机制研究，在肿瘤免疫领域也有望拓展，获得11项国家自然科学基金，发表SCI论文60余篇，为基础医学学科建设提供了有力的支撑。
免疫学教研室是一支积极进取的教师队伍，获得过全国巾帼文明岗等荣誉，多次获得基础医学院优秀学苑团队。
人体寄生虫学教研室
新疆医科大学基础医学院人体寄生虫学教研室始建于1955年，在丁兆勋教授、薛弘燮教授等一批人体寄生虫学前辈们的带领下，人体寄生虫学教研室形成了一支业务能力、科研水平较强的学科队伍。本学科于1980年首批获得硕士学位授予权。近5年，人体寄生虫学教研室积极引进教学科研人才，大力发展教学团队与骨干教师的培养，并不断注入新鲜师资力量。目前专职教师共8人，其中教授1人、副教授3、讲师2人，未定职教师2人，具有博士学位者3人，硕士学位者4人，在读博士1人。硕士生导师3名，引进高层次人员1名。至今教研室共计培养了15名硕士研究生。
《人体寄生虫学》为临床医学、基础医学、预防医学等医学课程奠定基础，属桥梁学科，是医学专业学习中重要的一门必修课程。教研室承担了本科生（含“5+3”一体化）、留学生、专科生等各层次不同专业的《人体寄生虫学》、《病原学》理论与实验的教学工作。教师们重视教学改革，近5年获得自治区级校级、院级教改课题资助共3项，参与多项中华医学会及自治区级教改课题。迄今发表教改论文近30余篇。参编本学科全国规划教材6部以上，主编全国规划教材及习题集1部。
本学科主要围绕感染与免疫研究方向，重点突出本专业特色，在寄生虫与宿主的相互关系方面进行机制研究，同时也有交叉学科的相关内容，如肠道菌群与宿主的相互关系。教研室至今主持国家自然科学基金6项，新疆维吾尔自治区自然科学基金8项，自治区省部共建实验室项目2项，校级大学生创新基金10项。共发表学术论文（核心期刊）50余篇，其中10篇被SCI检索收录。
教研室全体教师遵循“立德树人”、“为党育人、为国育才”的教育方针，保持教育初心，同时注重教学科研协同发展的原则，为培养优秀的医学人才砥砺前行。
形态中心
新疆医科大学形态中心实验室成立于2001年，2008年成为国家级基础医学实验教学示范中心的建设单位，主要承担全校本、专科及研究生、留学生的《医学免疫学》、《医学微生物学》、《人体寄生虫学》、《病理解剖学》、《组织胚胎学》、《生物学》实验教学工作，其中融合课程包含《正常人体形态学》、《病原学》，全年承担实验教学课时数超12000学时。形态中心现有在岗教职工15人，平均年龄34岁，高级职称3人，中级12人；博士2人，硕士14人（在读博士2人），具备硕士及以上学历人员占总人数的100%，党员11人。中心目前共有21间实验室，其中9间现代化数码显微互动实验室。此外，中心还建设了涵盖《病理学》、《组织胚胎学》、《人体寄生虫学》在内的数字化切片，学生和教师可通过校园网直接浏览和下载数字化全景切片，为教学数字化转型奠定了基础。
形态中心秉持学校“培养具有时代使命感和社会责任感，热爱祖国，富有创新精神和实践能力，服务边疆，在丝绸之路经济带核心区建设中发挥重要作用的高素质卫生健康人才”的总目标，实验示范中心以岗位胜任力为导向，确定了“两个能力培养”的核心目标，即实践能力和创新能力。落实以学生为本，德育为先，促进学生知识、能力、素质“三位一体”协调发展的育人理念，培养具有自主学习能力、适应社会能力和终身学习能力的医学人才。
病理生理学教研室
新疆医科大学基础医学院病理生理学教研室始建于1965年，在老一辈开拓者的奋斗下， 病理生理学专业于1981年获得硕士学位授予权，经过半个多世纪的发展，几代人的共同努力，取得了长足进步，逐渐发展为集教学科研于一体的团队。在课程和团队建设方面获得校级优秀课程、校级重点课程、自治区级精品课程、校级优秀教学团队称号、校级精品视频公开课、自治区级一流本科课程以及校级课程思政示范课等荣誉。
病理生理学团队现有教师13人。其中教授1人，副教授6人，队伍中有博士8人，包括引进的高层次人才1人，在读博士4人。团队主要承担临床医学、儿科学及中医学等专业本科生的病理生理学、人体机能学，研究生的病理生理学新进展，高级病理生理学等课程教学工作。团队教师持续推进一流课程建设，重视教学改革，近五年团队成员主持3项自治区级和校级教改项目，主编和参编国家级教材2部，以第一及通讯作者发表教学论文9篇。团队成员在多项教学比赛中获得优异成绩，分别荣获青教赛全国三等奖，第二届全国高校教创赛副教授组全国一等奖、教授组全国三等奖，首届高校教创赛教授组自治区三等奖等奖项。团队中1人获得天山英才教育领军人才称号，2人被评为校级教学名师，1人获评校级教学能手。
病理生理学教研室现有博士生导师1人，硕士生导师3人，主要关注心血管疾病基础研究，近五年主持自治区杰出青年基金项目2项，自治区自然科学基金项目6项，重点实验室项目1项，指导大学生创新创业训练计划项目8项。
随着教师队伍结构、层次的提高，教学和科研能力的提高，病理生理学教研室正生机勃勃地朝着更高、更强的方向发展。
人体解剖学教研室
新疆医科大学基础医学院人体解剖学教研室现有教职工31位，其中教师岗22人，实验岗9人。硕导3人，校级教学名师1人，教学能手2名。年完成理论和实验教学13000学时，教研室对承担的《系统解剖学》和《局部解剖学》等课程进行理论实验一体化改革，对承担的《正常人体形态学》进行整合课程改革。即恢复在实验室授课外，年受益学生达8000余人。获批“系统解剖学线上线下混合式一流课程”，开展线上线下混合式教学3门。作为新疆医科大学生命展馆（自治区科普教育基地）宣讲主要承接教研室，年度接待访客5000余人次。作为红十字会会员单位，每年参加祭奠遗体捐献人员活动，年全疆拉运捐献遗体约80具左右，确保解剖教学顺利开展。
教研室充分利用国家对口援疆政策，西部之光访学计划等，每年选派优秀教师1-2名赴内地研修，提升业务水平。师资队伍能力与素质逐年提升，目前中山大学在读博士1名，中南大学联合培养型在读博士2名，新疆医科大学在读博士4名。近5年主持科研项目省部级以上9项，共计138万元，产学研合作项目3项，省部级教改项目1项，校级教改项目9项，指导大创项目7项。在基础和临床解剖学上申请专利方面有所突破，共计5项。教研室规划继续发展在研项目，并积极寻求合作组建新增科研团队，重新组建临床应用解剖学科研团队，希望未来在数字解剖，虚拟解剖等领域能够发挥作用。
